科学調査潜水艦「コンマ」は、SF 小説「地球の中心への旅」の熱烈なファンです。海底の謎の物質を研究するため、叔父の地質学者「アイアンストーン」を追ってマリアナ海溝の奥深くに潜ったところ、偶然洞窟迷路に引き込まれ、広大な未知の世界に辿り着き、古代生物を発見した。海底の中心部の想像を絶する探検。